广州南站一共有四层，出站口位于1F层。
广州南站总建筑面积61.5万平方米，站房面积48.6万平方米，设15站台、28站台面、28股道，自下至上分为B1层（地铁站、停车场）、1F层（进出站层、购票层）、2F层（高架站台层、东落客平台）和3F层（高架候车层、西落客平台）共四层。
地上二层自东向西依次为武广下行车场、广深港车场、武广上行车场、广珠城轨车场、贵广线车场、南广线车场。1号站台（第1站台面）、15号站台（第28站台面）为侧式站台；
2号站台（第2、3站台面）~14号站台（第26、27站台面）为岛式站台。
