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北京大学深圳医院地处福田中心区，于1999年底建成开业，是深圳市政府投资建成的现代化三级甲等综合性公立医院。医院占地面积5.9万平方米，目前总建筑面积近22万平方米，是一家地面“零停车”的无围墙医院，院内花园四季常青，被誉为“深圳最美医院”。
2000年10月，深圳市人民政府与北京大学签署合作协议，首开国内院-校紧密合作办医先河，将医院纳入北京大学附属医院管理体系，并更名为“北京大学深圳医院”。经过近年来的发展，医院取得了突出的成绩。
2019年医院入选广东省第三批高水平医院重点建设医院，通过国家医疗健康信息互联互通标准化成熟度五级乙等和电子病历系统功能应用水平分级六级评审，在两次国家三级公立医院绩效考核中均位列A+等级，并在2019年度排在全国第59名、广东省第6名。
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